若き海上保安官たちの活躍を描いて話題となった映画「海猿」（2004）、その続編のTVドラマ「海猿 EVOLUTION」（05）に続くシリーズ。潜水士になって2年がたった仙崎は、異動先の鹿児島・第十管区で機動救難隊員として働いていた。恋人の環菜とは遠距離恋愛を続けていたが、さまざまな原因から関係がぎこちなくなっていることに悩んでいたある日、鹿児島沖で大型フェリーの座礁事故が発生する。仙崎はバディの吉岡らとともに現場に駆けつけるが、そこで想像を絶する光景を目撃する。